由柯双向的消息:
亲爱的伯克利基因组学爱好者,
该cgrl将组织两次基因组组装下周讲习班在238科什兰厅:
 
第一部分:项目设计,测序技术和方法库
 
2017年9月25日 (星期一) 1-5pm
 
第II部分:生物信息学
 
2017年9月26日 (星期二) 1-5pm 
 
主持人将是斯蒂芬·普罗斯特(stefan.prost@berkeley.edu),以前在综合生物学/中心理论进化基因组学的部门,现在亲切地从斯坦福大学访问。 
 
请注意,这两个研讨会登记是分开的,你可以注册一个或两个. 请离开 这里 对于注册 星期一 和 这里 对于 星期二。对于每个车间,空间被限制为30 UCB和联盟参加,并注册被先到先得。
 

研讨会大纲

全基因组为基础的分析正在成为生物学研究日益重要,跨越,但不限于,进化,医疗和保护环境。基因组装配,在基因组分析的第一步,是研究的一个快速发展的领域,所以保持最新与它的当前状态可以是具有挑战性的。此外,它可以是很难理解的研究人员新的领域。本次研讨会是对从没有背景可达基因组组装的先进的知识有任何地方的研究人员的目标。它将作为从设计基因组测序的路线图项目一路获得“最终”基因组组装,与下游分析的一些简要的讨论。在第一天下午,我将开始覆盖前期策划和实验室话题,是非常基本的,如提供不同的测序技术,以及如何决定哪些测序平台和库制备方法使用。在第二下午,我将概述处理原始测序数据,以及不同组件,质量评估和改进方法所需的不同的步骤。使车间更加人性化,我将讨论在不同阶段采用流行的工具。


第一部分, 2017年9月25日

基础知识和基因组的先验知识进行测序
365体育将被测序可以在选择合适的测序和组装策略帮助基因组的先验知识。在这里,我将介绍一些基本知识,然后讨论了强烈影响agenome是否会很容易或很难序列,并成功地装配不同的基因特性。
 
测序平台
我将概述不同的第一,第二和第三代测序策略。所述测序平台,我将在本节覆盖包括Illumina公司(miseq和hiseq),iontorrent,ionprot上,ABI固体,pacbio,纳米孔和Helicos的。
 
测序文库建立
我将讨论的Illumina的文库制备方法的差异(包括正反),诸如配对末端(PE),配偶对(MP),trueseq合成长读取和10X基因组链接长读。在本节中,我也将概述其他策略,例如BAC或F黏粒基于测序和染色体折叠基于远程联动方法,如基因组燕尾芝加哥库。
 
 

第二部分, 2017年9月26日

原始读数据处理
在本节中,我将讨论用于评估工具,以及,提高测序读取质量。
 
从头组装策略和工具
使车间更加有用,我就勾勒出不同的流行装配工具(大基因组组装),并简要讨论的底层算法。通过这样做,我也将解释在基因组装配常用(例如k聚体,N50,等等)方面。
 
装配质量评估
组装后的基因组中的关键步骤是评估所得序列的质量。在使用不同装配或不同的k聚体的大小的情况下,需要工具来决定哪个组件是最好的。
 
生物信息学装配改进
有可用于初始组装之后,或者通过填充间隙区或找到和解决误assembledregi上s改善的碱基序列不同的工具。此外,基因组组件可以合并,以提高质量。
 
基于实验室装配改进
在本节中,我将简要讨论的物理和光学映射方法的优点和缺点。
 
与草案成品组装
在基因组学的一个关键决定是一个基因组装配是否足够好,以解决所需的研究问题。在这里,我将解释完毕,草案基因组组件之间的分歧,并就是否需要或不进一步测序确定了一些指导。
 
下游分析
结束车间,我将简要介绍随后的下游处理和分析的步骤,例如重复和基因注释,或如何得到单倍体基因组序列插入二倍体基因组映射框架。